В течение почти 20 лет независимости Кыргызстан в государственном строительстве шел по пути, основанном на доминировании в государственном управлении Президента, а на самом деле - его Администрации (Аппарата Президента). Аппарат Президента Кыргызской Республики, созданный в январе 1991 года в качестве рабочего органа для обеспечения деятельности учрежденного в октябре 1990 года должности главы государства – Президента, в результате проведенных в период с 1994 года по 2009 год реформ превратилась в мощную управленческую структуру, в некий суперисполнительный орган, исполнявший роль «параллельного Правительства» в стране. Практически все проекты основных решений в социально-экономической и политической сфере разрабатывались в ее недрах либо проходили через ее «сито».